地球にやって来たエイリアンは、人間の存在に怯えカラーカモフラージュ機能を使ってどこかに隠れてしまいました。隠れているすべてのエイリアンを捕まえ、それぞれをコレクションに加えることがあなたのミッションです。
（操作方法）エイリアンズ５では、画面中央のエイリアンに注意してください。特に、エイリアン自身の色、その背景色、およびエイリアンが向いている4つの基本的な方向のいずれかに注意してください。他の4匹のエイリアンを中央のエイリアンと一致させた場合、エイリアンを捕獲しコレクションに加えることが出来ます。
このゲームでは武器が2つあります。まず、回転ビームはエイリアン（左周り、右周りの選択可能）を回転させ、変色レーザーはモードに応じてエイリアンの色または背景色を変更します。画面下部の2つのボタンをタップして、現在操作可能な武器を設定します（一度に使用できる武器は1つだけです）。もう一度タップすると、その武器のモードを変更できます。
モードを選んで、ターゲットとするエイリアンをタップすると選択した武器が有効になります。各武器にはゲーム開始時5つの弾薬が用意されていますが、3秒ごとに1つの弾薬が回転ビームに、2つの弾薬が変色レーザーに追加されます。ゲームの制限時間に注意してください。
（コレクション）各ステージをクリアするとエイリアンを捕まえ、あなたのコレクションに追加することができます。捕まえたエイリアンはメニューからいつでも確認できます。
各エイリアンを全色集めると遺伝子ラボに追加することができます。追加されたエイリアン達に特定の組み合わせがあった場合はレアモンスターが出現します。レアモンスターを全色出現させると、ゲーム内に登場するようになります。
無料版では、5つのタイプのエイリアンを6色ずつ、3つのカテゴリーをまたいで合計30匹のエイリアンを捕獲することができます。ただし、有料版では合計180種類のエイリアンが開放され、15カテゴリー全てのコレクションを集めることができます！